八咫鏡(やたのかがみ)、草薙剣(くさなぎのつるぎ)、八尺瓊勾玉(やさかにのまがたま)の宝物を「三種の神器」という。

56年の分裂期を経て南北合一が成されるも…

　正平6年（1351）10月、今度は尊氏が南朝に和議を申し入れた。ここでもやはり問題となったのが、三種の神器の扱いである。
　すでに触れたとおり、北朝・南朝ともに三種の神器を保持していると主張している。『園太暦』正平6年12月9日条によれば、話し合いの中で三種の神器が話題にのぼり、北朝の持つ三種の神器が「虚器」つまり偽物とされている。
　結局、同年12月18日には、北朝から三種の神器はもちろんのこと、壺切の剣と昼御座の剣までもが差し出された。壺切の剣とは、立太子のときに天皇から授けられるもので、皇位継承者の証とされたものである。

　こうしてついに北朝の三種の神器が南朝に接収された。同月28日に三種の神器が吉野に戻ると、南朝では内侍所神楽を興行した。南朝がどさくさに紛れて、壺切の剣までも取り上げた意義は大きかったといえよう。
　その後も北朝と南朝は決裂したが、ようやく両者が合体したのは、明徳3年（1392）閏10月のことである。その立役者は、第3代将軍足利義満であった。この時の条件で重要なのは、「三種の神器を南朝の後亀山天皇から、北朝の後小松天皇に『譲国の儀』によって譲渡すること」である。

　南朝にとって不利な条件ではあった。しかし、室町幕府を擁する北朝との権力差は広がるばかりの状況にあった。和平を望む後亀山が選択したのは、合体への道であった。
　同年閏10月5日、後亀山は三種の神器をともない、後小松のいる土御門東洞院の内裏に渡御した（『御神楽雑記』）。三種の神器が内侍所に安置されると、三ケ夜神楽が行われ、南北朝合一は完了したのである。

　ところが、幕府と朝廷は、後亀山に太上天皇の尊号宣下を行う問題で頭を悩ませた。幕府と朝廷としては、南朝の皇位を認めたくはない。だが南北朝合体を実現するため、この条件を守らねばならなかった。そこで、後亀山を即位しなかった天皇とし、特例として尊号を与えるという離れ業を考えたのである。
　このように南北朝期の三種の神器は、皇位継承の問題とあいまって、非常に重要視されたのである。のちに南朝は奥吉野に本拠を定め、後南朝として抵抗を続けるも、神器を失った今や、往時の権勢には遠く及ばなかった。